En España, la vacunación de menores es un asunto que cae bajo el ejercicio de la patria potestad compartida, lo cual implica que ambos progenitores deben estar de acuerdo en todas aquellas cuestiones que afecten a la salud de sus hijos. Sin embargo, en aquellos casos en que exista un desacuerdo entre los padres, especialmente cuando se trata de temas relacionados con la vacunación del menor, los tribunales pueden intervenir con el objetivo de proteger el "interés superior del menor", que se considera el principio fundamental al tomar este tipo de decisiones.

Si uno de los padres está a favor de vacunar al hijo y el otro se opone, lo más común es que el progenitor favorable a la vacunación recurra a un juzgado de familia para tratar de resolver la disputa existente. En estos casos, los jueces tienden a inclinarse por el progenitor que desea inmunizar al menor, ya que la vacunación es una práctica que está  ampliamente respaldada por las autoridades sanitarias como una forma esencial para preservar la salud tanto a nivel individual, como colectivo. 

Cuando llega el momento, el trabajo de los jueces sería evaluar las evidencias científicas existentes, además de los informes de expertos. Tras ello se toma una decisión, y lo que suele ocurrir es que conceden la autorización para vacunar al menor a aquel progenitor que está a favor de la inmunización, como se puede comprobar echando un vistazo a las resoluciones judiciales de varias ciudades de España.

El Código Civil establece que los menores que tengan 12 años o más tienen derecho a ser escuchados en todas aquellas decisiones judiciales que les afecten, siempre que cuenten con suficiente madurez. Los tribunales pueden solicitar la opinión del menor, y si tiene 16 años o más, la decisión sobre su vacunación recaería sobre él mismo, sin necesidad que exista algún tipo de consentimiento parental. Esta normativa tiene como fin respetar el desarrollo autónomo y el bienestar del menor, aunque también se valora en el contexto de un entorno de seguridad pública.

Para prevenir conflictos y proteger el bienestar del menor, la mayoría de los abogados especializados recomiendan que los progenitores busquen asesoramiento antes de llegar a los tribunales. En situaciones en las que el desacuerdo persiste, el tribunal puede incluso conceder temporalmente la custodia al progenitor a favor de la vacunación, como ha ocurrido en algunos casos recientes. Además, cuando existe una recomendación médica o social explícita, el interés superior del menor cobra aún más peso en la decisión del juez.

En definitiva, que todos aquellos casos de desacuerdo entre progenitores en temas de vacunación infantil se resuelven bajo el principio de proteger el interés del menor, y los tribunales suelen apoyar la vacunación cuando se presenta como una medida segura y preventiva. Esta tendencia judicial refuerza la importancia de priorizar la salud y seguridad de los menores de edad por encima de las diferencias de opinión que puedan existir entre los progenitores.