No es raro ver como a poco tiempo de las pruebas de selectividad se genera cierta controversia a medida que la información sobre la estructura de los exámenes, el pago de las tasas de inscripción y los requisitos necesarios para presentarse a las pruebas de acceso a la universidad van saliendo a la luz. Tampoco es extraño que, tras realizar los exámenes, se desvelen las preguntas y los alumnos muestren su satisfacción o insatisfacción sobre el trabajo hecho. En los últimos años, se han visto ejemplos de exámenes polémicos y preguntas controvertidas que han dado mucho de qué hablar.

Un nuevo modelo de examen de EBAU, pensado para aplicarse en 2024, ya ha sido probado en 50 centros educativos de España.

En muchas ocasiones se ha dado el caso en que un alumno se topa con preguntas que, por su naturaleza, son difíciles de contestar o pueden llevar a malentendidos e incluso favoritismos como fue el caso del examen de Castellano que sorprendió a profesores y estudiantes de la Comunidad Valenciana en 2021. La pregunta formaba parte de un comentario de texto sobre el cuál, los estudiantes tenían que escribir un texto de "entre 200 y 300 palabras" sobre la cuestión del patriotismo. "En qué consiste para Vd. ser patriota?", formulaba la pregunta en el papel. Muchos alumnos, indignados, afirmaron a través de redes sociales que se trataba de una injusticia: "Si te toca un corrector que no sea de tu ideología política te puede bajar la nota", dijo una alumna. Desde la Administración se defendieron argumentando que se trata tan solo de "un ejercicio académico". De igual forma ese mismo año en Murcia también hubo controversia con el examen de castellano en el que se leía:  "Véase la Ley Celaá y su obsesión por eliminar obstáculos y el consiguiente abaratamiento de aprobados y títulos".

Cada comunidad autónoma tiene su propio examen y eso siempre ha sido un tema que ha dado mucho de que hablar ya que muchos notan la diferencia de dificultad entre unos y otros, como fue el caso del examen de Matemáticas en la Comunidad de Madrid en 2021. "Vergonzoso. Gente llorando en medio del examen, llorando al salir", escribían algunos alumnos asegurando que los estudiantes madrileños se tuvieron que enfrentar a un examen demasiado difícil.

En 2020, en plena pandemia de coronavirus, muchos estudiantes tuvieron la posibilidad de enfrentarse a exámenes más flexibles con mayor opcionalidad ya que las clases fueron suspendidas durante marzo y los alumnos tuvieron que prepararse las pruebas confinados en sus casas únicamente con contacto online con los profesores. Sin embargo, al parecer algunos exámenes tampoco estaban bien planteados. En el caso del examen de Historia de España en la Comunidad de Madrid, las fechas no concordaban con lo que se pedía. A los alumnos se les pedía que analizaran unos años del reinado de Isabel II, pero en realidad esos años correspondían, aunque no exactamente, con los de la regencia previa de su madre, María Cristina, y del general Espartero.

En Baleares, el examen de Lengua catalana presentaba un texto que hablaba sobre los asistentes de voz electrónicos que fabrican grandes marcas como Google o Amazon (Alexia) y reflexionaba sobre el hecho de que todavía no estén adaptados para procesar y contestar en catalán. Al final del texto, el escritor decía:  "Estamos hablando de un asistente que nos ayuda o distrae, no de un guardia civil, pero de momento no funciona si no le hablas en la lengua de un imperio". El texto provocó las críticas de la asociación Plis Educación, que tachó la prueba de "puro adoctrinamiento".