El origen del coronavirus SARS-CoV-2 sigue siendo un enigma de la biología. Desvelarlo es importante para prevenir futuras oleadas de COVID-19 y también para acallar teorías conspiranoicas.

Se supo al inicio de la pandemia que el nuevo coronavirus comparte más del 96% de su genoma con un coronavirus que infecta murciélagos. Ahora, un trabajo de un equipo internacional ha intentado reconstruir el árbol genealógico del SARS-CoV-2. Una versión previa de dicho artículo ya se difundió a finales de marzo en el repositorio de preprints BiorXiv, y ahora el estudio, una vez revisado, se ha publicado en el último número de la revista Nature Microbiology Sus resultados determinan que el linaje de ambos coronavirus se separó hace entre 40 y 70 años. Esto significa que el SARS-CoV-2 lleva bastantes décadas circulando entre los murciélagos.

El artículo afirma: "El SARS-CoV-2 en sí no es un recombinante de ningún sarbecovirus -virus del mismo subgénero-detectado hasta la fecha, y su motivo de unión al receptor, importante para la especificidad de los receptores ACE2 humanos, parece ser un rasgo ancestral compartido con los virus de murciélagos y no uno adquirido recientemente mediante recombinación".

Los autores, además, lanzan una advertencia: “Este largo periodo de divergencia sugiere que hay linajes víricos en murciélagos con potencial zoonótico que no han sido muestreados”, es decir, en ese tiempo se pueden haber diferenciado más linajes con los rasgos adecuados para infectar a los humanos.

Además, son virus con una alta capacidad de intercambiar material genético entre sí, lo que implica, según los autores, que “será difícil identificar virus con el potencial de causar brotes importantes en humanos antes de que estos emerjan”. Es necesario, por tanto, disponer de un “sistema de vigilancia de enfermedades humanas en tiempo real que rápidamente pueda identificar y clasificar patógenos”.

El nuevo análisis no apoya la hipótesis —aunque tampoco la descarta— de que el pangolín fuera un paso intermedio en el salto de murciélagos y humanos. Tampoco las serpientes. “La evidencia actual es consistente con que la evolución del virus en murciélagos haya dado lugar a [variantes] capaces de replicarse en el tracto respiratorio superior tanto del humano como del pangolín”, escriben los autores.

Uniendo estos nuevos resultados a lo ya conocido, el primer firmante de este trabajo, Maciej F. Boni, de la Universidad del Estado de Pensilvania (EE UU), explica que el escenario más probable es el de un virus de una población de murciélagos de la provincia de Yunnan, en el sureste de China, “de donde proceden los virus con parentesco más próximo” al SARS-CoV-2, que salta directamente a humanos.

Muchos expertos han descartado ya un origen artificial del virus mediante manipulación genética, dado que una operación así dejaría huellas inequívocas en el genoma que no están en el nuevo coronavirus. Boni considera “improbable” también la hipótesis de la fuga de un laboratorio: “Si el virus hubiera escapado de un entorno de laboratorio, los primeros individuos afectados habrían sido los empleados del centro y sus familias”, comenta.

Sobre cuándo se produjo el salto a humanos, Boni remite a otros análisis de genomas virales ya publicados por otros investigadores, que indican noviembre de 2019 como fecha más probable. Es un elemento más a favor de que fue un error la detección del virus en muestras de aguas fecales de Barcelona de marzo de 2019.Barcelonamarzo de 2019.

Dibujar el árbol genealógico del nuevo coronavirus no es fácil porque intercambia material genético muy fácilmente y “regiones distintas del genoma del virus pueden tener ancestros distintos”, señala el coautor del trabajo. El genoma de estos virus es como Frankenstein, ensamblado con piezas de distinta procedencia.

Para dibujar al árbol genealógico evitando este obstáculo, Boni y su equipo emplearon tres técnicas diferentes. Tras comparar genomas de virus del mismo subgénero —sarbecovirus— que el nuevo coronavirus, las tres técnicas empleadas indican que este comparte un linaje ancestral con su pariente conocido más próximo, catalogado como RaTG13. Cada técnica da una fecha probable para la separación: 1948, 1969 y 1982. De ahí la conclusión de que el SARS-CoV-2 debe llevar décadas evolucionando en murciélagos.

Los investigadores también examinaron el origen de la proteína RBD, que es la que abre la puerta de las células humanas al encajar con su receptor, la proteína ACE2. Ya se había visto que RBD es genéticamente más parecida a la de virus que infectan al pangolín, pero lo que se ve en este trabajo es que el SARS-COV-2, RaTG13 y otros virus del pangolín comparten un linaje vírico ancestral —un antiguo antecesor común— y no que el SARS-CoV-2 haya evolucionado también en el pangolín.