En una sesión de calificación comandada desde el principio por el joven catalán, Márquez volvió a conseguir el mejor tiempo tras haberlo logrado en el pasado Gran Premio de España, y será el único español que salga desde la primera posición en el asfalto luso.
A pesar de que Luthi forzó al máximo su Suter para arrebatarle la 'pole' a Márquez en las últimas vueltas, el suizo se quedó a poco más de una décima. Mientras, Redding marcaba el tercer mejor tiempo.
En cuanto a los españoles, Pol Espargaró (Kalex) partirá desde la segunda línea tras lograr la quinta vuelta más rápida, mientras que Julián Simón (Suter) y Toni Elías (Suter) saldrán séptimo y octavo respectivamente. Además, Ricard Cardus (AJR) obtuvo la duodécima posición, por delante de Nico Terol (Suter) y Esteve Rabat(Kalex) que saldrán decimoquinto y decimosexto, respectivamente.
Alex Pons (Kalex) saldrá en la posición número 23, Ángel Rodríguez (FTR) partirá trigésimo y, por último, la única piloto de la parrilla, Elena Rosell (Moriwaki), marcó el trigésimo primer mejor tiempo.